Управувањето со МАРнет се врши од страна на Управниот одбор. Членовите на одборот се именуваат и разрешуваат од страна на Влада на Република Северна Македонија.
Членовите на Управниот одбор се именуваат врз принципот на стручност и компетентност и принципот на соодветна и правична застапеност.
